Nedovoljnu brigu ili nebrigu vlasti koja traje od osnivanja 1895. godine nadomešćuju generacije onih koji su se bavili ili se danas bave naučnim proučavanjem, zaštitom i prezentacijom nacionalne prirodne riznice. U ovoj prvoj specijalizovanoj ustanovi nalaze se biološke i geološke zbirke sa više od dva miliona vrednih primeraka i mnoštvom unikatnih holotipova - prvih u nauci opisanih primeraka novootkrivenih vrsta.

Starost predmeta u zbirkama kreće se u rasponu od četiri ipo milijarde godina, počev od meteorita iz vremena nastanka Sunčevog sistema, preko fosila starih stotine miliona godina, do primeraka Pančićeve omorike i srpske ramonde, koju je takođe otkrio Josif Pančić. Ovih dana muzej je postao bogatiji za vrednu rekonstruisanu fosilnu lobanju australopitekusa, drevnog pretka današnjih ljudi.Muzej u privremenom prostoru, koji je defakto trajni, čuva 117 prirodnjačkih zbirki, sa približno 1,500.000 različitih primeraka iz Srbije, Balkanskog poluostrva i celog sveta. Najbrojnije su mineraloška, petrološka, zbirke fosilnih i recentnih mekušaca, insekata, ptica, sisara, kao i Generalni herbarijum Balkanskog poluostrva. Ove zbirke imaju raritetnu naučnu i muzeološku vrednost. Uz to, sastavni deo muzeja je stručna biblioteka, osnovana pre 120 godina, koja slovi za jednu od najstarijih i najbogatijih na Balkanu, sa 21.554 naslova knjiga, 1.183 naslova časopisa (76.830 brojeva), 1.005 geografskim i geoloških karata i 226 rukopisa.

Ovde se čuvaju originalni delovi skeleta surlaša, koji je naziv dobio po surli, a čiji su fosilni ostaci otkriveni na teritoriji Srbije i Makedonije. Reč je o najkrupnijim kopnenim sisarima koji su nastali pre oko 23 miliona godina. Ali, tu su i lovački trofeji Jevgenija Demidova, grofa San Donato, koje je poklonio knez Pavle Karađorđević Muzeju šumarstva i lova, pripojenom Prirodnjačkom muzeju 1972. sa zbirkama lovačkih trofeja i lovačkog oružja.S obzirom na bogatstvo koje muzej čuva, a da nema odgovarajući prostor za stalnu postavku kompleksne prirode Srbije, za tematske izložbe, obrazovne radionice, promocije i stručne skupove koristi se minijaturni prostor Galerije na Kalemegdanu, negdašnje karaule koja je čuvala glavni prilaz tvđavi iz pravca Stambol kapije četrdesetih godina 19. veka.  U čast proslave jednog veka postojanja ove naučno-istraživačke institucije, zgrada je renovirana i adaptirana od 1992. do 1994. godine. Jubilej je obeležen godinu dana pre roka, 19. decembra 1994, izložbom "Riznica Prirodnjačkog muzeja".
Ukazom predsednika Srbije Tomislava Nikolića od 15. februara 2016. godine Prirodnjački muzej je odlikovan Sretenjskim ordenom drugog stepena za naročite zasluge u oblasti nauke, kulture i muzeologije. Svečanim skupom u Srpskoj akademiji nauka i umetnosti, decembra 2015,  obeležio je 120 godina postojanja i rada.
Muzej organizuje putujuće izložbe širokog spektra, pa je tako 2014. godine muzejski savetnik Aleksandra Savić priredila postavku "Staro i nestalo voće Srbije", koju su mogli da vide posetioci muzeja u Kraljevu, Osečini i Knjaževcu. Postavka je obuhvatala 64 sorte autohtonog i odomaćenog voća, uz napomenu autora da je u seoskim okućnicama i voćnjacima, kao i na pijacama, danas "teško videti sorte voća koje su naši preci vekovima koristili za ishranu" i da se, mada retke, stare sorte jabuka, krušaka, šljiva, trešanja i drugog voća još mogu naći na našem području "kao pojedinačna stabla ili u manjim zasadima".

Na izložbi su, kad je o jabukama reč, predstavljene pamuklija, ružica, šarunka, funtača, masnjača, devojačka crvenka, krstovača, šimširka, ovčiji nos, slatkara, prespanka, tetovka,  đulica, rebrača, senabija, belojabuka, slatkara i brojne druge sorte.Kroki ove samostalne nacionalne ustanove kulture omogućio je fotoreporter FoNet-a Aleksandar Barda. Prirodnjački muzej je i dalje podstanar u zdanju nekadašnje Prve ženske beogradske gimnazije, a povodom 125 godina postojanja i rada ovih dana je ponovo istakao svoju zastavu, na kojoj zelena i smeđa boja simbolizuju "živu i neživu prirodu, osnovu i najveće blago svakog naroda".

Naime, tokom februara zaposleni su, uz podršku kolega, građana i pojedinih medija, uspeli da spreče realizaciju ideje da Ministarstvo kulture ustupi muzej Ministarstvu za zaštitu životne sredine, a da ga ono pretvori u običnu naučnu radnu jednicu, čime bi izgubio status ustanove od nacionalnog značaja. Ministarstvo kulture je poručilo da je to bila "lažna vest". Na sastanku predstavnika muzeja i Maje Gojković gde je problem rešen u korist muzeja, bilo je reči i o gradnji nove muzejske zgrade, ali je rečeno da je to "kompleksno i preskupo pitanje". Preskupo za ustanovu ovakve tradicije i značaja - u zemlji u kojoj se poslednjih godina toliko gradi i zida da nedostaju samo još čardaci ni na nebu, ni na zemlji.Mada je preminuo sedam godina pre osnivanja "Jestastveničkog muzeja Srpske zemlje", kako se zvao Prirodnjački muzej, Josif Pančić se smatra njegovim utemeljvačem. Priznat je u oblasti prirodnih nauka u svetu, kod nas je otac prirodnih nauka. Bio je prvi predsednik Srpske kraljevske akademije, preteče SANU, i profesor Velike škole. Stvorio je stručnu terminologiju na srpskom za biljne i životnjske organe i geološke pojave, koristeći narodni jezik. Osnovao je Jestastvenički (prirodnjački) kabinet i prvu botaničku baštu u delu dvorišta Konaka Knjeginje Ljubice u kome se tada nalazio Licej. 

Sa grupom saradnika i učenika sistematski je prikupljao i proučavao primerke iz prirode. Mineralozi, geolozi, botaničari i zoolozi, Pančićevi učenici i naslednici, radom na proučavanju prirode u Srbiji doprineli su obogaćivanju budućih zbirki muzeja. Njihove zbirke i danas postoje, čuvaju se u muzeju i pored naučne imaju jednako autentičnu istorijsku vrednost.
Pančić je 1884. godine trebalo da bude izabran za člana Državnog saveta, ali nije ispunjavao jedan uslov. Nije imao u vlasništvu nijednu nepokretnost. Birokratija mu je, po nalogu vlasti, u nepokretnu imovinu priznala zidanu grobnicu koju je sebi podigao na na groblju kod Crkve svetog Marka u Beogradu, današnjem Tašmajdanskom parku. Možda, ako se ovo ima u vidu, i nije toliko neobično što sve vlasti i sve birokratije čitav vek i frtalj nemaju novaca da sazidaju zdanje dostojno značaja kog Prirodnjački muzej ima za kulturno-istorijski bitak Srbije, njenih građana, ali i celog Balkana. (kraj) dep